Erwartungsgemäss ist der Datenschutz ein wichtiges Thema, das regelmässig in Diskussionen zur Sprache kommt. Die Einhaltung gesetzlicher Vorschriften ist im Rahmen des PHIS-Projekts selbstverständlich. Darüber hinaus soll ein Konzept erarbeitet werden, das auch die Wünsche und Bedürfnisse der Tierhalter und Tierärzte berücksichtigt. Es muss klar definiert sein, welche Daten erhoben werden, wer Zugang dazu hat und wozu die Daten schliesslich genutzt werden.

Ziel des Projekts ist unter Anderem der Aufbau eines Systems zur Überwachung der Tiergesundheit und zur Früherkennung von Krankheitsausbrüchen in Schweizer Schweinebeständen. Dazu werden Daten benötigt, die Auskunft zur aktuellen Gesundheitssituation in den Beständen geben. Die Tiergesundheitsdienste erheben bereits eine Vielzahl von Gesundheitsdaten. Allerdings umfasst deren Datenerhebung nur die dem eigenen Gesundheitsdienst angehörenden Bestände. Für eine flächendeckende Analyse reichen die verfügbaren Informationen somit nicht aus.