Erwartungsgemäss ist der Datenschutz ein wichtiges Thema, das regelmässig in Diskussionen zur Sprache kommt. Die Einhaltung gesetzlicher Vorschriften ist im Rahmen des PHIS-Projekts selbstverständlich. Darüber hinaus soll ein Konzept erarbeitet werden, das auch die Wünsche und Bedürfnisse der Tierhalter und Tierärzte berücksichtigt. Es muss klar definiert sein, welche Daten erhoben werden, wer Zugang dazu hat und wozu die Daten schliesslich genutzt werden.

Grundsätzlich sollen zu keinem Zeitpunkt Rohdaten veröffentlicht werden. Nur Resultate von Datenanalysen werden in einer Form publiziert werden, die keinen Rückschluss auf einzelne Bestände oder Personen zulässt. Für die Entwicklung eines geeigneten Datenschutzkonzepts ist eine Arbeitsgruppe zuständig, in der auch Schweineproduzenten vertreten sind.